เทศบาลตำบลธาตุพนมใต้ ได้รับการเปลี่ยนชื่อจากองค์การบริหารส่วนตำบลธาตุพนม เป็นเทศบาลตำบลธาตุพนมใต้ และจัดตั้งเป็นเทศบาลตำบลธาตุพนมใต้ เมื่อวันที่ ๒๗ ตุลาคม ๒๕๕๒ และได้มีการเลื่อนฐานะจากเทศบาลขนาดเล็กเป็นเทศบาลขนาดกลาง เมื่อวันที่ ๒๖ มีนาคม ๒๕๕๕ ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย และตามมติคณะกรรมการพนักงานเทศบาลจังหวัดนครพนม (ก.ท.จ.นครพนม) ครั้งที่ ๑๓/๒๕๕๗ เมื่อวันที่ ๒๕ ธันวาคม ๒๕๕๗ ได้กำหนดโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการเพิ่มเติมขึ้น จำนวน ๒ ส่วนราชการ จากเดิม ๓ ส่วนราชการ รวมเป็น ๕ ส่วนราชการได้แก่
- สำนักปลัดเทศบาล
- กองคลัง
- กองช่าง
- กองสาธารณสุขและสิ่งแวดล้อม
- กองวิชาการและแผนงาน